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NAalytics / Assemblies Of Putative SARS CoV2 Spike Encoding MRNA Sequences For Vaccines BNT 162b2 And MRNA 1273RNA vaccines have become a key tool in moving forward through the challenges raised both in the current pandemic and in numerous other public health and medical challenges. With the rollout of vaccines for COVID-19, these synthetic mRNAs have become broadly distributed RNA species in numerous human populations. Despite their ubiquity, sequences are not always available for such RNAs. Standard methods facilitate such sequencing. In this note, we provide experimental sequence information for the RNA components of the initial Moderna (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32756549/) and Pfizer/BioNTech (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33301246/) COVID-19 vaccines, allowing a working assembly of the former and a confirmation of previously reported sequence information for the latter RNA. Sharing of sequence information for broadly used therapeutics has the benefit of allowing any researchers or clinicians using sequencing approaches to rapidly identify such sequences as therapeutic-derived rather than host or infectious in origin. For this work, RNAs were obtained as discards from the small portions of vaccine doses that remained in vials after immunization; such portions would have been required to be otherwise discarded and were analyzed under FDA authorization for research use. To obtain the small amounts of RNA needed for characterization, vaccine remnants were phenol-chloroform extracted using TRIzol Reagent (Invitrogen), with intactness assessed by Agilent 2100 Bioanalyzer before and after extraction. Although our analysis mainly focused on RNAs obtained as soon as possible following discard, we also analyzed samples which had been refrigerated (~4 ℃) for up to 42 days with and without the addition of EDTA. Interestingly a substantial fraction of the RNA remained intact in these preparations. We note that the formulation of the vaccines includes numerous key chemical components which are quite possibly unstable under these conditions-- so these data certainly do not suggest that the vaccine as a biological agent is stable. But it is of interest that chemical stability of RNA itself is not sufficient to preclude eventual development of vaccines with a much less involved cold-chain storage and transportation. For further analysis, the initial RNAs were fragmented by heating to 94℃, primed with a random hexamer-tailed adaptor, amplified through a template-switch protocol (Takara SMARTerer Stranded RNA-seq kit), and sequenced using a MiSeq instrument (Illumina) with paired end 78-per end sequencing. As a reference material in specific assays, we included RNA of known concentration and sequence (from bacteriophage MS2). From these data, we obtained partial information on strandedness and a set of segments that could be used for assembly. This was particularly useful for the Moderna vaccine, for which the original vaccine RNA sequence was not available at the time our study was carried out. Contigs encoding full-length spikes were assembled from the Moderna and Pfizer datasets. The Pfizer/BioNTech data [Figure 1] verified the reported sequence for that vaccine (https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/), while the Moderna sequence [Figure 2] could not be checked against a published reference. RNA preparations lacking dsRNA are desirable in generating vaccine formulations as these will minimize an otherwise dramatic biological (and nonspecific) response that vertebrates have to double stranded character in RNA (https://www.nature.com/articles/nrd.2017.243). In the sequence data that we analyzed, we found that the vast majority of reads were from the expected sense strand. In addition, the minority of antisense reads appeared different from sense reads in lacking the characteristic extensions expected from the template switching protocol. Examining only the reads with an evident template switch (as an indicator for strand-of-origin), we observed that both vaccines overwhelmingly yielded sense reads (>99.99%). Independent sequencing assays and other experimental measurements are ongoing and will be needed to determine whether this template-switched sense read fraction in the SmarterSeq protocol indeed represents the actual dsRNA content in the original material. This work provides an initial assessment of two RNAs that are now a part of the human ecosystem and that are likely to appear in numerous other high throughput RNA-seq studies in which a fraction of the individuals may have previously been vaccinated. ProtoAcknowledgements: Thanks to our colleagues for help and suggestions (Nimit Jain, Emily Greenwald, Lamia Wahba, William Wang, Amisha Kumar, Sameer Sundrani, David Lipman, Bijoyita Roy). Figure 1: Spike-encoding contig assembled from BioNTech/Pfizer BNT-162b2 vaccine. Although the full coding region is included, the nature of the methodology used for sequencing and assembly is such that the assembled contig could lack some sequence from the ends of the RNA. Within the assembled sequence, this hypothetical sequence shows a perfect match to the corresponding sequence from documents available online derived from manufacturer communications with the World Health Organization [as reported by https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/]. The 5’ end for the assembly matches the start site noted in these documents, while the read-based assembly lacks an interrupted polyA tail (A30(GCATATGACT)A70) that is expected to be present in the mRNA.
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cirosantilli / China Dictatorship反中共政治宣传库。Anti Chinese government propaganda. 住在中国真名用户的网友请别给星星，不然你要被警察请喝茶。常见问答集，新闻集和饭店和音乐建议。卐习万岁卐。冠状病毒审查郝海东新疆改造中心六四事件法轮功 996.ICU709大抓捕巴拿马文件邓家贵低端人口西藏骚乱。Friends who live in China and have real name on account, please don't star this repo, or else the police might pay you a visit. Home to the mega-FAQ, news compilation, restaurant and music recommendations.Heil Xi 卐. 大陆修宪香港恶法台湾武统朝鲜毁约美中冷战等都是王沪宁愚弄习思想极左命运共同体的大策划中共窃国这半个多世纪所犯下的滔天罪恶，前期是毛泽东策划的，中期6.4前后是邓小平策划的，黄牛数据分析后期是毛的极左追随者三朝罪恶元凶王沪宁策划的。王沪宁高小肆业因文革政治和情报需要保送“学院外语班“红色仕途翻身，所以王的本质是极左的。他是在上海底层弄堂长大的，因其本性也促成其瘪三下三滥个性，所以也都说他有易主“变色龙”哈巴狗“的天性。大陆像王沪宁这样学马列政治所谓"法学"专业的人，在除朝鲜古巴所有国家特别是在文明发达国家是无法找到专业对口工作必定失业，唯独在大陆却是重用的紧缺“人才”，6.4后中共信仰大危机更是最重用的救党“人才”。这也就是像王沪宁此类工农兵假“大学生”平步青云的原因，他们最熟悉毛泽东历次运动的宫庭内斗经验手段和残酷的阶级斗争等暴力恐怖的“政治学”。王沪宁能平步青云靠他这马毛伪“政治学”资本和头衔，不是什么真才实学，能干实事有点真才实学的或许在他手下的谋士及秘书班子中可以找到。王沪宁的“真才实学”只不过是一个只读四年小学的人，大半辈子在社会上磨炼特别是在中共官场滚打炼出的的手段和经验而已，他和习近平等保送的工农兵假“大学生”都一样，无法从事原“专业”都凭红资本而从政。六四学运期间各界一边倒支持学生，王沪宁一度去法国躲避和筹谋，他还加入了反学运签名，成为极少有的反学运者仕途突显，在六四和苏联垮台后中共意识形态危机，江泽民上台看上唯一能应急的王沪宁聚谋士泡制的"稳定统一领导"和之后的"新权威"谬论。左转被邓小平南巡阻止后，王策划顺邓经济改革却将政治改革逐步全面终止和倒退，泡制“三个代表”为极左转建立庞大牢固的红色既得利益集团。因此六四后各重大决策和危机难题都摆在中共中央政策研究室王沪宁桌面上，使王沪宁成了此后中共三朝都无法摆脱的幕后最有决策性实权的人，中共中央政策研究室是王为其野心巨资经营几十年，聚众谋士的间谍情报汇总研究的特务机关和策划制定决策重要机构与基地，王沪宁本人和决定其仕途关键的首任岳父及家属就有情报工作背景。中央政研室重要到王沪宁入常后为了死抓这中共情报与决策大权，宁可放弃国家副主席和中央党校校长。后再加个除习外唯他担任的中共几核心领导小组之一的“不忘初心牢记使命”主题教育工作小组组长。此后他把持的舆论必将以宣传“不忘初心牢记使命”为主，打造众所周知的所谓“习思想”其实是”王思想“。王自从主导中央政研室开始决策后，策划中止邓小平的与美妥协路线回归毛极左的反美路线。帮助前南斯拉夫提供情报打落美机放中使馆引发炸使馆事件，以此掀起六四后唯一的全国大规模游行并借此反美而起家。后又帮江泽民提供法轮功会是超过中共组织的情报，策划决策镇压迫害开始并没有把矛头指向江的法轮功群体，策划决定阻止党内外近三十年来平反六四的呼声。致远黑皮书马拉松程序员易支付英语台词文字匹配美团点评各业务线提供知识库团队共享阿里云高精Excel识别德讯 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karthikmudunuri / EldorauiEldora UI is a collection of re-usable components that you can copy and paste into your web apps. It primarily features components, blocks, and templates.
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开发资源 求职面试等 多语言多货币多入口的开源电商 B2C 商城 支持移动端vue app html5 微信小程序微店 微信小程序商城等可能是我用过的最优雅的 Alipay 和 WeChat 的支付 SDK 扩展包了 基于词库的中文转拼音优质解决方案 我用爬虫一天时间“偷了”知乎一百万用户 只为证明PHP是世界上最好的语言 所使用的程序微信 SDK for Laravel 基于 overtrue wechat开源在线教育点播系统 一款满足你的多种发送需求的短信发送组件 基于 Laravel 的后台系统构建工具 Laravel Admin 使用很少的代码快速构建一个功能完善的高颜值后台系统 内置丰富的后台常用组件 开箱即用 让开发者告别冗杂的HTML代码一个想帮你总结所有类型的上传漏洞的靶场优雅的渐进式PHP采集框架 Laravel 电商实战教程的项目代码Payment是php版本的支付聚合第三方sdk 集成了微信支付 支付宝支付 招商一网通支付 提供统一的调用接口 方便快速接入各种支付 查询 退款 转账能力 服务端接入支付功能 方便 快捷 SPF Swoole PHP Framework 世界第一款基于Swoole扩展的PHP框架 开发者是Swoole创始人 A Wonderful WordPress Theme 樱花庄的白猫博客主题图床 此项目已弃用 基于 ThinkPHP 基础开发平台 登录账号密码都是 admin PanDownload网页复刻版一个开源的网址导航网站项目 您可以拿来制作自己的网址导航 使用PHP Swoole实现的网页即时聊天工具 独角数卡 发卡 开源式站长自动化售货解决方案 高效 稳定 快速 卡密商城系统 高效安全的在线卡密商城 ️命令行模式开发框架ShopXO免费开源商城系统 国内领先企业级B2C免费开源电商系统 包含PC h5 微信小程序 支付宝小程序 百度小程序 头条 抖音小程序 QQ小程序 APP 多商户 遵循MIT开源协议发布 基于 ThinkPHP5 1框架研发Wizard是一款开源的文档管理工具 支持Markdown Swagger Table类型的文档 Swoole MySQL Proxy 一个基于 MySQL 协议 Swoole 开发的MySQL数据库连接池 学习资源整合Freenom域名自动续期一个好玩的Web安全 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