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google-research / KubricA data generation pipeline for creating semi-realistic synthetic multi-object videos with rich annotations such as instance segmentation masks, depth maps, and optical flow.
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nf-core / SarekAnalysis pipeline to detect germline or somatic variants (pre-processing, variant calling and annotation) from WGS / targeted sequencing
cheng-01037 / Self Supervised Fewshot Medical Image Segmentation[ECCV'20] Self-supervision with Superpixels: Training Few-shot Medical Image Segmentation without Annotation (code&data-processing pipeline)
nextgenusfs / FunannotateEukaryotic Genome Annotation Pipeline
ncbi / PgapNCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline
opensemanticsearch / Open Semantic EtlPython based Open Source ETL tools for file crawling, document processing (text extraction, OCR), content analysis (Entity Extraction & Named Entity Recognition) & data enrichment (annotation) pipelines & ingestor to Solr or Elastic search index & linked data graph database
TobyBaril / EarlGreyEarl Grey: A fully automated TE curation and annotation pipeline
ncbi / EgapxEukaryotic Genome Annotation Pipeline-External caller scripts and documentation
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seth814 / Semantic ShapesA semantic segmentation pipeline for custom image annotation
CompSynBioLab-KoreaUniv / FunGAPFunGAP: fungal Genome Annotation Pipeline
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bokulich-lab / RESCRIPtREference Sequence annotation and CuRatIon Pipeline
wurmlab / FloSame species annotation lift over pipeline.
EBI-Metagenomics / Mobilome Annotation PipelineNo description available
KHP-Informatics / NgseasyDockerised Next Generation Sequencing Pipeline (QC, Align, Calling, Annotation)
nf-core / BacassSimple bacterial assembly and annotation pipeline
